晋城市疾病预防控制中心的前身是晋东南地区卫生防疫站，始建于1953年，距今已有60多年的历史。1985年撤地建市变革为晋城市防疫站，1993年从长治南迁晋城办公。根据国家卫生体制改革精神，于2003年11月组建了晋城市疾病预防控制中心，是市政府实施疾病预防控制与公共卫生技术服务的正处级事业单位。主要担负着我市疾病预防控制、突发公共卫生事件应急处理，疫情及健康相关因素信息管理，健康危害因素监测与控制，实验室检测与评价，健康教育与健康促进，技术指导与应用研究等职能。
中心现有建筑面积6140平米，人均建筑面积97.46平米，实验用房面积2695平米，实验室占总面积的43.89%。中心内设20个正科级科室，其中业务科室16个，行政后勤科室5个。中心核定编制72名，现实有在编在岗人员58名，其中正处级干部2人，副处级干部1人，科级25人，高级专业技术职务4人，中级17人。
我中心于2012年4月实行了岗位设置管理，2012年4月1日与中心全体职工首次签定了聘任书。现中心实际聘任岗位58名，其中管理岗位20名，专业技术岗位35名，工勤技能岗位3名。专业技术人员占中心人员比例的60%（35/58），卫生专业技术人员占中心人员比例的48%（28/58）。中心拥有进口原子吸收、等离子电感耦合质谱仪、气质联用仪、液质联用仪、全自动微生物鉴定仪、脉冲场凝胶电泳、毛细管电泳仪、PCR仪等先进的仪器设备，能够开展食品中农药残留、霉菌毒素、苏丹红、瘦肉精、三聚氰胺、塑化剂、食源性致病菌以及病毒的分子生物检测和病毒培养工作。中心成立以来在市委市政府的领导下，全体干部职工与时俱进、求真务实，创新发展，成效显著，为促进我市疾病防控事业发展和保障全市人民健康取得一定的成绩。